Merzifonlu Karamustafapaşa bir Bağdat seferinde veya gezisinde 1659-1660 yıllarında o zaman bataklık halinde bulunan İncesu deresinin kenarına ordugahını kurdurur. Söylentiye göre o gece rüyasında kendisine bu ıssız yörenin ihyası emredilir. Bu suretle Karamustafa Paşa 1661’de şimdi halen mevcut bulunan Camii Kebir, Kervansaray, Hamam ve iki sıradan oluşan çarşı ve çeşmeleri inşa ettirmiştir. Kayseri Mahkemesinin kayıtlarına göre bugün ilçenin bulunduğu yerin yakınında Karataş adında bir köy bulunmakta idi. İncesu’da imar hareketlerinin başlamasıyla Karataştan ve diğer yerleşim yerlerinden kabileler gelip yerleşmişlerdir. Bunlardan başlıcaları; Kırım, Etyemez, Karakoyunlu ve Bozkoyunlu kabileleridir. İlçedeki çeşitli mahalle ve sokak isimlerinin kaynağı bu kabilelere dayanmaktadır. İlçeye daha sonra Rum aileleri de yerleşmiş, İncesu batı yönünde gelişme göstermiştir. İncesu 19 yy. başlarında bucak merkezi, 1901 yılında da ilçe merkezi olmuştur.

Rumların mübadele edildikleri 1925-1930 yıllarına kadar ilçenin bugünkü durumuna göre daha mamur olduğu, 1200 kadar hanenin bulunduğu, nüfusun 12.700 olduğu, derenin güneyinde Salanta, Orta Mahalle, Kilise Mahallesi, derenin kuzeyinde ise Molu, Tırpanlı ve Sadıka isimli altı mahalleye ayrıldığı, ilçe haricinde çalışanlar tarafından ilçeye her yıl 80.000 Osmanlı Altını girdiği; ilçenin 7.000 büyükbaş hayvanı bulunduğu, yerinde yapılan araştırmalardan belirlenmiştir.

İlçedeki en önemli tarih eserlerden biri Karamustafa Paşa tarafından yaptırılan ve halen bir kısmı duran külliyenin şimdiki Kayseri yolunun girişine rastlayan kısmıyla giriş kapısı 1925 yılında Kaymakam Sait Bey tarafından yıktırılmıştır. Kervansarayın esas binası ve avlu kısmındaki kemerler restore edildiğinden iyi durumdadır. Çarşının bir kısmı eski halini koruyabilmiştir. Cami Kebir ve hamamın geçmiş yüzyılların aşındırması dikkate alınacak olursa çok iyi durumda olduğu söylenebilir. Bu iki eser 1955 yılında tamir ve restore edilmiştir. Cami Kebir üzerindeki kitabeden anlaşıldığına göre 1960 yıllarında tamir ettirilmiştir. 1970 yılındaki sel afetinden sonra bir süre kapalı kalmıştır.

İncesu Kayseri’nin güneybatısında, Kayseri-Niğde Devlet Karayolu üzerinde Kayseri’ye 30 km. uzaklıkta olup, 1150 rakımlıdır. Yüzölçümü 872 km2 dir. İlçe’den geçen İncesu deresi Aksu Bağlarından doğmaktadır. İncesu ilçesi Erciyes’in kısmen güney ve güneybatı eteklerinde kurulmuştur. İlçenin batısında yer alan Tekke dağı 1800 m. yüksekliktedir. İlçenin kesin konumu 35o doğu boylamı, 38o kuzey enlemindedir. İlçe; kuzey ve doğuda il merkezi Kayseri, batıda Nevşehir ili Ürgüp ilçesi, güneydoğuda Develi ve güneybatıda Yeşilhisar ilçeleri tarafından sınırlandırılmıştır.

Çevresi dağlarla çevrili, denizden uzak ve deniz etkilerine kapalı olan ilçede yarı kurak karasal bir iklim egemendir. İlçede kış ayları soğuk ve kar yağışlıdır. En soğuk ay Ocak ve Şubat ayları olup, ortalama sıcaklık –20’nin üzerindedir. Yaz ayları kısa ama oldukça sıcak geçer. Yaz aylarında sıcaklık ortalaması 220’nin üzerindedir. Yıllık yağış ortalama 300 ile 400 mm’dir. İlçenin güneydoğusu yani Erciyes Dağı ile güneybatısındaki Tekke Dağı eteklerinde az miktarda ormanlık alanlar mevcuttur. İlçede mera vasıflı 49.620 hektar arazi mevcut olup, meralar yeterlidir.

İncesu ilçesi idari açıdan Kayseri İline bağlıdır. Merkez ile Kızılören ve Süksün’de belediye teşkilatı bulunmaktadır. (23.07.2004 tarih ve 25531 sayılı Resmi Gazete’de yayınlanan 5216 Sayılı Büyükşehir Belediye Kanunu gereğince İncesu İlçesi merkez ilçe olmuş ve 4 köy mahalleye dönüşmüştür. Bu köyler Dokuzpınar, Sarıkürklü, Örenşehir, Çardaklı). Şu anda İlçenin 9 köyü vardır.

2000 Genel Nüfus Sayımı sonuçlarına göre İncesu’nun toplam nüfusu 22.616’dır. İlçe nüfusunun 8.511’i şehirde 14.105’i köylerde yaşamaktadır. İncesu ilçesi kentsel nüfus artış hızı Kayseri İl merkezinden düşüktür. İlçeye doğu illerimizden, özellikle Ağrı ilinden göç olmaktadır. Yıllık nüfus artış hızı şehir merkezinde binde 7.99, köylerde ise 0.28 olup, toplamda ise 3.11 nüfus artışı görülmektedir.

İncesu bir tarım ilçesidir. Ekilebilen arazi taşlı ve verimsiz olduğundan, tarımla uğraşan kesim ancak kendini geçindirebilecek gelir elde etmektedir. Buna rağmen ilçede çalışan nüfusun % 75’i tarımla uğraşmaktadır. Hane başına düşen ortalama toprak 62 dekar dolayındadır. Veraset yoluyla mülkiyetin parçalanmış olması tarımsal üretimde verimliliği engellemektedir. İlçede sıra ile ticari amaçlı üzüm (ilçe merkezi, Garipçe, Hamurcu, Süksün, Saraycık) buğday, arpa, çavdar, pancar (ilçe merkezi, Süksün ) ayçiçeği (Süksün) ve çeşitli sebzeler yetiştirilmektedir. Yıllık 5.000 ton üzüm, 25.000 ton buğday, 5.250 ton arpa, 1.500 ton çavdar, 10.000 ton şeker pancarı, 4.500 ton karpuz, 700 ton domates, 395 ton kavun, 300 ton kabak, 300 ton patlıcan, 160 ton taze soğan, 107 ton salatalık, 70 ton sivri biber, 12 ton taze fasulye üretimi gerçekleştirilmektedir. İlçede bağcılık önem arz etmekte, bunun yanında hane halkının ihtiyacını karşılamak için sebze üretimi de yapılmaktadır. Tarım sektöründe hayvancılığın önemi büyüktür. Hayvancılık sadece hane halkının ihtiyacını gidermek için değil aynı zamanda ticari amaçla yapılmaktadır. İlçede toplam 6.060 sığır ve manda, 37.000 koyun ve keçi mevcuttur. Buna göre günlük süt verimi 7 ton civarındadır. Büyük ve küçükbaş hayvancılık yapanlar mart, nisan aylarında çevre köylerden alınarak beslenen hayvanları yetiştirip satmaktadırlar. Hayvansal üretim olan peynir, yoğurt, yağ ve yapağı Kayseri ve Ürgüp’te pazarlanmaktadır.

İlçede sanayi gelişme sürecine girmiştir. 2. Organize Sanayi Bölgesi bu ilçe sınırları içerisinde kurulmuş ve İncesu Organize Sanayi Bölgesi adını almıştır. Bu bölgede arsa tahsisleri başlamıştır.

İlçe sınırları içerisinde Taksan Fabrikası (özelleştirildi ve Mıhçıoğlu AŞ.tarafında alındı.), Çinkur Fabrikası (özelleştirildi ve İpek Mobilya AŞ.tarafından alındı.), Karsu Fabrikası (800 işçisiyle iplik üretmektedir.), Targıt Fabrikası (meyve konsantresi üretmektedir.), Erciyes Gaz ve Aygaz dolum tesisleri, Alfapen PVC Fabrikası ilçe sınırları içerisinde üretimde bulunmaktadır.